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Forum "Genetik" - Protein
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Protein: Tipp
Status: (Frage) überfällig Status 
Datum: 00:38 So 10.06.2012
Autor: jess240890

Aufgabe
die ersten aufgaben sind Implimentierungsaufgaben der bioinformatischen Stringmatching Algorithmen, die habe ich schon alle...bei aufgabe 3 hänge ich

3. protein.fasta enthalt ein Protein (die Sequenz ist im unterem Feld zu finden). Suchen Sie zunachst in diesem Protein
nach einigen kurzen Aminosauresequenzen (habe ich schin). Suchen Sie dann dieses
Protein in dem bakteriellen Genom (welches gegeben ist und aus ATGC Sequenzen besteht).

hallo,

ich habe hier folgende proteinsequenz eines proteins:

VGGATRVNRGRRTTVAYPLLLSLLILLSIVCQAAHAQEPTLRHPPELKDPITSLLNSGLIPTLSYSDYAMLAKQLSEVMSNAIAEALQGSLVSDNDLDAVVAMLGASEALSRMPEEYTPRAEAVVEEAKRAVEGLEVFLLAYGLDEDEPYASKTIAVGLLDSGGEPRIVVMGPASHVLLTLVNAVIIDRDVVVLFPVSSQVVIMSAQSGGLPSGVEIGPGRPGIEDKIRDEFLPEEVKESYSRGVSGQTVNGEYQDSENEGGEDKIVDISSLLKELASRLTKQGGQGSGDTGSYLPSGGAVGSGTAAIVASPIGKLGITYEDFARIADILRLDLPEAQAEGDLEGGEVLVPVSPLERAGSSMGLVLTAVAVLGVITLTASYAPEIRRTLSARLAMSRGSAAASAAEVCYRAALEVLETQGLRRMPWETPREFLVRAEKSLVDEQVYAMRYITWLYELHRYGGLKPSPGEAEECMRMVEALRARGRDGDR

ich muss den namen dieses Proteins finden und es dann in ATGC form wandeln so dass ich durch stringmatching in einem Genom suchen kann...
hat jemand eine Ahnung wie ich es machen kann und in welcher Datenbank ich suchen soll?

danke
        
Bezug
Protein: Fälligkeit abgelaufen
Status: (Mitteilung) Reaktion unnötig Status 
Datum: 01:20 Do 14.06.2012
Autor: matux

$MATUXTEXT(ueberfaellige_frage)
Bezug
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